Ingeniero Agrónomo de la Pontificia Universidad Católica, tiene un Magíster en Economía Agraria y es Master of Arts de la Universidad de Chicago.
En su carrera ha sido profesor de diversas casas de estudio, como las universidades Católica de Valparaíso, de Chile y de Concepción, además de haber sido Pro-Rector de la Universidad Finis Terrae.
Entre los años 1975 y 1981, Juan Carlos Méndez fue director de Presupuestos y ha ejercido también, entre otros cargos, el de director de AFP Habitat (1992-1995), presidente del directorio de Iansa (1989), director de la Cámara de Comercio de Santiago (1994-1995), director de Coaniquem (1994-1996) y asesor de la Asociación de Exportadores de Chile, Asoex (1988-a la fecha).
Asumió como integrante del Consejo Directivo del banco el 22 de enero de 2009, cargo en el que fue ratificado en mayo de 2010. Además es miembro del Comité de Auditoría de BancoEstado y forma parte de los directorios de Elecmetal S.A., Masisa S.A., Bauza Export y Montolín S.A.